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La colección de artrópodos engloba todos los grandes grupos del fílum Arthropoda, como Hexapoda (insectos y entognatos), Myriapoda (ciempiés y milpiés), Crustacea (crustáceos) y Chelicerata (arañas, escorpiones y afines), si bien los insectos son el grupo mejor representado y más diversificado. Así, el Museo preserva una buena representación de todos los órdenes de insectos, sobre todo paleárticos, aunque por razones históricas algunos grupos de coleópteros y neuropteroideos también cuentan con representantes de prácticamente todas las regiones bioclimáticas del mundo.
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