Como ya hemos indicado en la época franco-visigótica a los vascos se les denominó vascones (escrito también como wascones). Posteriormente en los cronicones carolingios se comenzó a diferenciar a los vascones que estaban bajo gobierno franco de los independientes, designando a estos últimos con el término navarro; siendo utilizada la palabra vascón, únicamente, para los vascones bajo gobierno franco (evolucionando posteriormente este término al actual gascón).

Con el auge del Reino de Pamplona y Nájera en el siglo XI (hasta el siglo XII no fue denominado oficialmente como Reino de Navarra), la utilización de la palabra navarro para designar a los vascos se fue generalizando; quedando la palabra vascón gradualmente en desuso.

En el siglo XII el reino navarro, ante el expansionismo militar castellano, se verá forzado a pactar la renuncia a los territorios de La Rioja y Vizcaya.

La Rioja, que en aquella época era el territorio poblado por vascos más importante y que ostentaba la capital del reino, Nájera, será anexionada por Castilla. La capitalidad del reino navarro volverá otra vez a la capital histórica de los vascones, Pamplona.

Si bien la dinastía de los Otsoitz (López), conocida posteriormente como los Otsoitz-Haro (López de Haro), fueron puestos al mando del gobierno de Vizcaya (primero como condado no hereditario y posteriormente como señorío hereditario) por la monarquía navarra en el siglo XI, siendo desprovistos del señorío en 1116 por el rey de Aragón y Pamplona Alfonso I el Batallador. La ambición por recuperar el señorío hará que colaboren con los castellanos en su anexión de La Rioja y Vizcaya. Los servicios de la casa de Haro serán premiados por Castilla otorgándoles de nuevo el Señorío de Vizcaya del que fueron desprovistos 54 años antes.

Vizcaya, bajo la dominación castellana, se verá inmersa en guerras en defensa de los intereses de Castilla. La colaboración de la dinastía de los Haro en el expansionismo castellano aumentará los territorios de su señorío, gracias a las tierras donadas por los reyes de Castilla. El Señorío de Vizcaya, aunque en la órbita castellana, será legalmente independiente hasta 1516 en que es definitivamente anexionado a Castilla. Un año antes, en 1515, la Navarra peninsular, después de ser conquistada por Castilla, fue también anexionada a su corona, manteniéndose la Navarra norpirenaica independiente, hasta ser anexionada por Francia el siglo siguiente.

La fama batalladora que se labraron los vizcaínos en las sucesivas guerras del reino castellano hará que en lo sucesivo, los vascos, sean conocidos con el nombre de vizcaínos en Castilla. Una denominación que se extenderá posteriormente a otros países europeos; mientras que en los territorios de la corona de Aragón se les seguirá llamando nabarros / navarresos ("navarros" en aragonés y catalán respectivamente).

En el siglo XVI, como podemos comprobar en los textos de Cervantes, fue común designar a los vascos, de uno y otro lado de los Pirineos, con el término vizcaíno (exceptuando los bajo navarros que, tanto en Francia como en España, eran denominados "vascos").

En el mismo siglo, en el reinado de Felipe II, durante el apogeo del Imperio Español, los vascos monopolizan la administración de la corte española y de las colonias del imperio. Existe, durante esta época, una asociación generalizada, históricamente errónea, entre el pueblo vasco, el cántabro y el íbero, considerando la cultura y lengua vascas como las originarias de los españoles; y los fueros vascos como las leyes ancestrales de los españoles, unas leyes que debían ser respetadas y salvaguardadas por la monarquía española como máximo exponente de la españolidad. Los vascos representaban las esencias de España, la España indómita, los cántabros, que nunca pudieron ser conquistados ni por el mismo Imperio Romano, prueba de ello, según las creencias erróneas de la época, el que su milenaria lengua vasca siguiera siendo hablada. La asociación entre lo español y lo vasco llegó a tal extremo que incluso en la genealogía hecha por el cronista real guipuzcoano Esteban de Garibai, para el rey Felipe II, se le entroncó con los cántabros inconquistos, enlazando la monarquía española con los cántabros de la época romana, queriendo reflejar así una realidad histórica en la que los españoles habían nacido para someter a otros pueblos pero nunca para ser sometidos.